北京公司车牌号转让的主要方法是通过公司整体转让的方式进行。由于北京车牌指标与公司绑定，不能单独转让或买卖，因此要转让公司名下的车牌号，实际上是要将整个公司包括其名下的车牌指标一并转让给新的所有者。以下是转让的基本流程和注意事项：

1. 公司评估与财务尽职调查：首先，需要对该公司进行全面的评估，包括财务状况、税务记录、法律合规性等方面，确保公司没有债务纠纷、法律诉讼等问题。

2. 寻找买家：可以通过各类平台、中介机构或者私下联系找到有意向购买带有车牌指标的公司。

3. 协商与签约：与买家就转让价格、条件等细节进行协商，并在双方律师的协助下签订正式的转让合同，明确双方权利与义务。

4. 法人及股东变更：在工商局办理企业法人、股东等信息的变更手续，确保公司控制权的合法转移。

5. 其他部门变更：还需前往质监局、税务局等部门完成相应的变更登记，确保公司运营的连续性。

6. 车牌指标转让：随着公司的转让，车牌指标作为公司资产的一部分也随之转移给新所有者。需按照当地车管所的要求办理车辆过户等相关手续。

7. 第三方机构辅助：为了确保交易的安全性，建议通过正规的第三方机构如法律事务所进行操作，有的事务所还能提供尽职调查报告和风险赔付服务，增加交易的可靠性。