正规公司办理北京车牌指标转让的流程如下：

了解过户政策与条件：首先，需要了解北京市关于公司车牌指标过户的相关政策和条件。

准备过户所需材料：

双方公司的营业执照副本

双方公司的税务登记证

双方公司的组织机构代码证

双方公司的法定代表人身份证明

车牌指标的行驶证和车辆登记证

双方公司签订的车牌指标转让协议

其他可能需要的辅助材料，如过户申请表、委托书等

过户流程：

双方公司协商并签订车牌指标转让协议，明确过户事宜。

将所需材料提交至北京市交通委员会进行审核。

审核通过后，双方公司需携带相关材料到交通管理部门办理过户手续。

缴纳相关税费和过户费用。

完成过户手续后，交通管理部门将更新车辆登记证和行驶证上的信息。

双方公司保留好过户完成后的相关证件和文件，以备后续使用。

此外，在办理过户过程中，需要注意以下几点：

单位内部过户需提供单位同意证明，个人过户需双方到场签字。

过户完成后，原车主需交车辆钥匙和证件给新车主。新车主需办理购置税、保险手续，并注册登记。

如有需要，可以委托专业的车指标代理机构来帮助咨询和办理。

正规公司办理北京车牌指标转让过户需要遵循相关政策和流程，确保过户手续的合法性和有效性。